Много где написано, в том числе и здесь, про вычеты при продаже квартиры, описаны примеры и даны разъяснения. Но некоторые неоднозначные ситуации освещены не так хорошо. Например, многих интересует вопрос о том, будет ли налог при продаже квартиры, в которой налогоплательщик владел одной долей больше трёх лет, а другой долей меньше. Несмотря на разъяснения МинФина, продажа долей с разным сроком владения до сих пор вызывает трудности.
Ситуация, когда в продаваемом объекте одна доля принадлежит более трёх лет, а другая — менее, может возникнуть довольно часто. Например, можно получить долю в наследство от родственников в дополнение к своей доле, или процесс выкупа объекта по долям сильно затянулся. В любом случае, при изменении состава собственников будут выдаваться новые свидетельства о государственной регистрации права новой датой. Волноваться не стоит, так как достаточно владеть какой-либо долей в объекте более трёх лет независимо от того, изменялась она или нет.
Несмотря на то, что многие инспекции могут продолжать настаивать на уплате налога с той доли, срок владения которой менее трёх лет, соглашаться с этим не стоит. Подтверждение того, что налога не возникает, можно найти в письме МинФина от 19 апреля 2012 года № 03-04-05/7-530 (зеркало).
В своём объяснении МинФин опирается на 235 и 131 статьи Гражданского кодекса РФ. В ст. 235 ГК РФ как раз говорится о том, что при изменении состава собственников (так же и при изменении долей владения другими собственниками) право на владение долями у оставшихся собственников не прекращается. Выдача новых свидетельств «оправдывается» в ст. 131 ГК РФ, где говорится о необходимости регистрации подобных изменений в составе собственников.
Пример: в 2005 году семья из трёх человек приобрела квартиру в общую долевую собственность. Каждый из членов семьи получил по 1\3 доли. В 2012 году двое членов семьи умерли, оставив в наследство свои доли третьему. В том же, 2012, году квартира была продана. Право собственности у третьего члена семьи началось ещё в 2005 году, то есть к 2012 году длилось более трёх лет. Опираясь на разъяснение МинФина, становится ясно, что НДФЛ с такой сделки не возникает, как и не возникает необходимости подать 3-НДФЛ по итогам 2012 года.